实用学术网站分享：蛋白质数据库篇

其他推荐作者：佚名发布：2025-02-19 09:24:18

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UniProt（https://www.uniprot.org/）
目前全球最权威的蛋白质百科全书，整合Swiss-Prot、TrEMBL等核心数据库。提供从基因序列到功能注释的全链条数据，特别突出疾病关联分析和进化保守性预测。其"Proteomes"模块可批量下载模式生物的完整蛋白质组数据，新推出的AlphaFold结构预测模块已集成超2亿个蛋白结构模型。
RCSB PDB（https://www.rcsb.org/）
全球最大生物大分子结构资源库，收录通过X射线晶体学、冷冻电镜和NMR获得的20余万种结构数据。2023年新增AI辅助结构分析工具Mol*，支持动态构象可视化。特别推荐其教育板块的"Molecule of the Month"专栏，适合科研教学使用。
STRING（https://cn.string-db.org/）
蛋白质互作网络分析标杆平台，涵盖9600多个物种的6000多万种相互作用关系。独创的复合置信度评分系统（0-1分）整合实验证据、文本挖掘和计算预测。支持自定义网络构建，可导出Cytoscape兼容文件，最新版本新增COVID-19相关蛋白互作专题。
PhosphoSitePlus（https://www.phosphosite.org/）
翻译后修饰研究的金标准，记录超50万个人类修饰位点。独有"Kinase-Substrate"模块揭示酶促反应关系，2023年新增泛素化/SUMO化位点的疾病关联图谱。其"Motif Viewer"可直观显示修饰位点的结构环境特征。
DisProt（https://www.disprot.org/）
聚焦固有无序蛋白的专项数据库，包含3000+实验验证的IDR区域。新开发相变预测工具PhaSePro，整合液-液相分离相关数据。每个条目附带生物物理特性参数（如电荷分布、疏水性），特别适合研究蛋白凝聚体的用户。
NCBI Protein（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein）
收录超2.5亿条蛋白质序列的基础数据库，支持批量FASTA下载和Blast比对。其Gene数据库联动功能可追溯mRNA转录本变异信息，新版增加AlphaMissense致病性错义突变预测模块，是突变位点验证的首选平台。
InterPro（https://www.ebi.ac.uk/interpro/）
整合Pfam、PROSITE等12个成员数据库的超级注释系统，采用机器学习进行蛋白家族分类。独有的"3D Structure"功能可映射结构域到PDB坐标，最新发布的InterProScan 5支持宏基因组数据快速注释。
Protein Data Bank in Europe（https://www.ebi.ac.uk/pdbe/）
PDB的欧洲镜像站点，提供更丰富的结构分析工具。其PDBe-KB知识库整合结构生物学背景信息，新上线的FoldSuit工具可自动评估结构模型与序列的匹配度。
COSMIC（https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic）
专注癌症相关蛋白变异数据库，收录200万+体细胞突变记录。其3D突变图谱功能可直观显示致癌突变在蛋白结构中的空间分布，附带药物敏感性预测模块。
Human Protein Atlas（https://www.proteinatlas.org/）
人类蛋白质组学的可视化宝库，包含2万种蛋白的免疫组化、单细胞表达和亚细胞定位数据。病理学模块整合癌症组织芯片结果，新发布的Cell Atlas提供超高分辨率亚细胞结构共定位分析。

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